Δίπλα στο σύγχρονο λιμάνι του Ηρακλείου, ο επισκέπτης μπορεί να θαυμάσει ότι έχει απομείνει από το μικρό γραφικό λιμάνι που λειτουργεί σήμερα ως μαρίνα και το επιβλητικό φρούριο του Κούλε. Ο λιμενοβραχίονας μήκους 2χλμ του σύγχρονου λιμανιού ξεκινάει από εδώ και αποτελεί έναν από τους αγαπημένους δρόμους για περίπατο της πόλης και για ψάρεμα. Απέναντι από τον Κούλε, στο σημείο που υπάρχει σήμερα η καφετέρια του Μαρίνα, υπήρχε ως τις αρχές του 20ου αιώνα ένα μικρότερο φρούριο, ο Μικρός Κούλες. Στην παραλιακή λεωφόρο βλέπουμε και σήμερα ότι έχει απομείνει από τα θολωτά νεώρια (επιμήκη κτίρια όπου επισκευάζονταν τα πλοία), τη δεξαμενή Ζάνε (δίπλα στα μεγάλα νεώρια) και την Αποθήκη Άλατος (ανάμεσα στα μεγάλα και μικρά νεώρια).

Η πρώτη μεγάλη διαμόρφωση του λιμανιού έγινε από τους Άραβες τον 9-10ο αιώνα, ενώ η ακμαία πορεία του λιμανιού συνεχίστηκε και κατά τη Βυζαντινή οχύρωση του Ηρακλείου (τότε Χάνδακα) μετά το 961. Κατά την Ενετοκρατία το λιμάνι της Κάντια (όπως έλεγαν οι Ενετοί το Ηράκλειο) αποτέλεσε το σημαντικότερο λιμάνι της Ανατολικής Μεσογείου με τη μεγαλύτερη εξαγωγική δραστηριότητα. Τον 17ο αιώνα το λιμάνι μπορούσε να χωρέσει 50 γαλέρες, ενώ κάθε βράδυ η είσοδος φρασσόταν με τεράστια αλυσίδα (κυρίως κατά τη διάρκεια του Κρητικού Πολέμου). Οι Ενετοί εξήγαγαν στην Ευρώπη το περίφημο κρασί Μαλβαζία και είχαν την αποκλειστική δυνατότητα εμπορίας του αλατιού (κυρίως της Ελούντας) στην Ευρώπη. Άλλα προϊόντα που έφταναν στην Ευρώπη ήταν το μέλι, το τυρί, το κερί, το μετάξι, οι σταφίδες, το μπαμπάκι και το λάδι. 

Κατά την Τουρκοκρατία, οι Τούρκοι διατήρησαν την χρήση του σπουδαίου αυτού λιμανιού. Το πανέμορφο λιμάνι ήρθε να αλλοιώσει η καταστροφική τάση «εκμοντερνοποίησης» του 20ου αιώνα με την κατασκευή της παραλιακής λεωφόρου και του νέου λιμανιού. Το μεγαλύτερο μέρος από τα νεώρια κατεδαφίστηκε, όπως και ο μικρός Κούλες